Tuż po awansie do ekstraklasy krakowianie zaliczyli wstydliwe wpadki - zostali wyeliminowani przez Skalnika Gracze (wtedy IV liga) i Zawiszę Bydgoszcz (ówczesna II liga). Później zdarzył się najlepszy występ Cracovii w PP. Za czasów trenera Stefana Majewskiego piłkarzy z ul. Kałuży zatrzymał dopiero w półfinale Groclin Grodzisk Wlkp.
Po tym wyskoku Cracovia wróciła do utartego wzorca - zwykle (choć nie bez problemów; patrz niżej) radzi sobie w pierwszej rundzie z rywalem z niższej ligi, po czy odpada w kolejnej. Tylko raz od 2007 roku wyeliminowała inny zespół z ekstraklasy - ŁKS.
W tym sezonie Cracovia w pierwszej rundzie trafia na godnego siebie rywala - innego kandydata do awansu do ekstraklasy Zawiszę Bydgoszcz
sezon 2004/05
1/32 finału: Skalnik Gracze - Cracovia 2:1
sezon 2005/06
1/16 finału: Cracovia - Zawisza Bydgoszcz 0:0; Zawisza - Cracovia 2:0
sezon 2006/07
1/16 finału: Widzew Łódź - Cracovia 0:2
1/8 finału: Cracovia - Zagłębie Lubin 2:1
ćwierćfinał: Radomiak Radom - Cracovia 1:3; Cracovia - Radomiak 1:0
półfinał: Groclin Grodzisk Wielkopolski - Cracovia 1:0; Cracovia - Groclin 0:1
sezon 2007/08
1/16 finału: Znicz Pruszków - Cracovia 2:5
1/8 finału: Cracovia - Arka Gdynia 0:1
sezon 2008/09
1/16 finału: Górnik Łęczna - Cracovia 2:3
1/8 finału: Cracovia - ŁKS 3:0
ćwierćfinał: Polonia
Warszawa - Cracovia 1:0; Cracovia - Polonia 2:2
sezon 2009/10
1/16 finału: Piast Kobylin - Cracovia 1:1 k.2:4
1/8 finału: Legia Warszawa - Cracovia 2:0
sezon 2010/11
1/16 finału: GKP
Gorzów Wielkopolski - Cracovia 0:1
1/8 finału: Cracovia - Lech Poznań 1:4
sezon 2011/12
1/16 finału: Piast
Gliwice - Cracovia 0:1
1/8 finału: Ruch Chorzów - Cracovia 2:1